Meraki Dashboardに関わる操作を行うためのAPIがありますが、SSO (Single Sign-On)しているUser (SAML User)ではAPI Keyの発行はできません。
そのため、Meraki Dashboard APIを用いた自動化などを行う場合は、通常のMerakiアカウントを発行して管理する必要が出てきます。
ドキュメント上では下記に記述があります。
Note: SAML dashboard administrators cannot view or generate API keys.