Merakiの削除済みOrganizationはMeraki Supportに問い合わせても復旧はできません。
誤ってOrganizationを削除してしまうと取り返しがつかない事態に発展するため、ドキュメントでも強調表記されております。
Warning: Deleting an Organization is permanent. There is no way Meraki Support can recover an Organization once it has been deleted.
そのため、Meraki Dashboard APIで不要なOrganizationの削除処理をしているようなケースで、指定を誤って本番稼働しているOrganizationを削除して復旧不可能にならないように注意してください。